El Palacio San José fue la residencia del primer presidente constitucional de Argentina y gobernador de la provincia de Entre Ríos, general Justo José de Urquiza. La planta principal tiene 38 habitaciones de gran tamaño, dispuestas alrededor de dos hermosos patios. Tiene, además, dependencias de servicio, una capilla, cocheras, una pulpería (almacén de ramos generales), un palomar que podía albergar hasta 650 palomas y hasta un lago artificial de unos 20.000 m² donde navegaban veleros ligeros y a la vera del cual se realizaban suntuosas fiestas.
Su frente, enmarcado por dos torres simétricas ubicadas en las esquinas, está adornado con un friso con motivos clásicos y un barandal que en su centro tiene el escudo provincial. Éste da paso al Patio de Honor, rodeado por una amplia galería con un frente de arcos que se asientan sobre columnas de estilo toscano, en la que se ubicaban las salas de recepción, escritorios, el salón de billar, comedores y los dormitorios para la familia del general y sus ilustres visitantes. El segundo patio, denominado Patio del Parral, está bordeado por un parral de hierro forjado y es semejante al anterior. En él se encontraban las habitaciones para los visitantes de menor categoría. Existe un tercer patio, en el contrafrente, donde se encontraban las dependencias y habitaciones para el personal de servicio. El interior del Palacio estaba decorado con buen gusto y elegancia, con cuadros y murales como los del artista uruguayo Juan Manuel Blanes, quien pintó una serie de batallas en las que participara el general.En sus jardines hay bustos de hombres célebres como Napoleón, Hernán Cortés, Alejandro Magno y Julio César, y esculturas del entrerriano León Sola. Cabe destacar que el Palacio San José contaba con servicios de aguas corrientes, que aún hoy funcionan, cuya toma estaba en el río Gualeguachú, distante a 2 km. del lugar. Este tipo de servicio fue conocido en Buenos Aires sólo a partir de 1870.
Posee una torre de 70 metros de altura con mirador en la cima, una cripta en homenaje al General Manuel Belgrano, un Patio Cívico y el Propileo. En el subsuelo de este último se halla la Sala de Honor de las Banderas de Américas. Según los premios Travellers Choice 2013, que otorga el sitio Tripavisor en base a votos de las personas el Monumento Nacional a La Bandera ocupa en puesto número 20 entre los 25 lugares de interés para visitar de América del Sur. En Febrero de 1812, el General Manuel Belgrano propuso al gobierno de las Provincias unidas del Río de la Plata la creación de la escarapela como símbolo patrio, al observar que los cuerpos del ejército nacional utilizaban diversos distintivos. El 18 de Febero de1812, el Triunvirato o aprobó el uso de la escarapela celeste y blanca.
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